검찰은 2016년 7월 30일 이 씨를 주가조작 혐의로 구속해 재판에 넘겼다. 서울남부지법 형사12부는 2018년 10월 이 씨에게 징역 4년과 벌금 25억 원을 선고했다. 재판부는 이 씨가 배우자 견 씨 명의로 유상증자에 참여하면서 견 씨가 실제 투자하는 것처럼 보이게 하는 등 범행 전반을 기획·실행하는 핵심 역할을 했다고 밝혔다.
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진 전 고검장은 이 씨가 주가 조작 혐의로 검찰에 구속되기 3일 전 일신상의 이유로 돌연 사외이사직을 그만뒀다. 그의 임기는 1년 넘게 남아 있었다. 일각에서는 당시 한 후보자가 대검 부패범죄특별수사단 제2팀장이었던 만큼, 장인에게 검찰 구속 계획을 사전에 알려준 것 아니냐는 의혹을 제기한다.
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진 전 고검장은 지난 2008년 이른바 '재벌가 주가조작' 사건에 연루된 회사에서도 감사를 지냈다. 공교롭게도 진 전 고검장은 2008년 3월~6월까지 감사로 재직하던 중 검찰이 해당 회사를 압수수색하기 한 달여 전 임기를 남겨두고 돌연 사임했다. 당시 한 후보자는 부산지방검찰청 검사였다.
정치권에서는 진 전 고검장이 사외이사 또는 감사를 맡은 회사마다 주가조작 사건과 연루된 점, 임기가 남아있었지만 검찰 수사 전 일신상의 이유로 사임한 점, 당시 사위인 한 후보자가 현직 검사였던 점 등을 들어 석연치 않다고 내다봤다.