수사권 없던 '의문사 진상위원회'.. 수사권 없어 결국 영구 미제로 남았다.
'진상규명불능' 결정 사건 중 대표적인 사례가 2013년에서야 유골 감식 결과 '타살'로 밝혀진 고 장준하 선생 의문사 사건(1975.8)이다. 의문사위는 2차 보고서(2004.12)에서 컴퓨터 시뮬레이션을 통해 추락사가 아닐 가능성을 제기했고 조작된 수사 결과를 밝혀냈지만, "공권력의 직·간접적인 개입 여부에 대해서 밝힐 수 없어 진상규명불능으로 결정"했다.
의문사위는 이 보고서에서 '조사 권한 미흡'을 강조하며 '관계기관 비협조' 문제를 지적했다. 보고서에 따르면 국정원은 '장준하 의문사' 사건 관련해 마이크로필름으로 보관 중인 자료에 대해서도 '관련 없음', '제3자 명예훼손 가능성'을 이유로 자료 제출을 미뤘다. 국정원은 의문사위 조사기간 만료가 임박한 2004년 5월에서야 그 중 일부인 814쪽의 문서를 제출했고, 의문사위는 결국 분석을 다 마치지 못한 채 활동을 마감했다.
의문사위는 또한 국정원이 장준하 선생이 추락하는 것을 봤다고 거짓 증언을 한 김모씨가 구 중앙정보부의 정보원이라는 점을 확인하는 자료나 '대통령에 대한 A보고' 등의 존재를 부인하면서 제출을 거부했고, 의문사위의 실지 조사도 거부해 추가 자료 확보를 하지 못했다.