부시가 당선되고 몇 달 뒤, 한국의 김대중 대통령은 워싱턴을 방문했다. 그런데 부시는 기자들이 모인 공개석상에서 김대중 대통령을 ‘this man’ 이라고 부르는 외교적 결례를 범했다. 이 외교적 결례의 배경은 몇 달 뒤 한국일보가 보도한 외교 전문을 통해 세상에 알려지게 되었는데 그 배경은 바로 MD였다. 김대중 대통령의 방미 며칠 전 미국은 한국에 외교 전문을 보내 “한국은 MD 배치 필요를 인정한다”라는 내용이 포함된 성명을 발표하라고 요구했는데, 한국의 외교부가 그 부분을 삭제한 채 성명을 발표한 것이다. 한국의 이러한 조치는 부시 대통령을 화나게 했고, 이는 김대중 대통령의 방미 내내 미국의 홀대로 이어졌다. 이 사례에서 알 수 있듯 김대중 정부는 미국의 압박을 받으면서도 끝내 MD 참여를 받아들이지 않았다.
노무현 정부 역시 마찬가지였다. 미국의 MD 참여 요구는 더욱 거세졌고, 이에 따라 패트리어트 미사일과 이동식 레이더, 제주 해군 기지 건설 등의 요구를 받아들였지만 공식적으로는 MD 참여를 언급하지 않았다. 이명박 정부는 인수위 시절부터 MD 참여를 적극 검토했으며, 실제로 MD 편입 쪽으로 상당히 움직였다는 평가를 받는다. 대표적인 게 한미 합동 미사일 방어 훈련이다. 그럼에도 불구하고 ‘공식적으로는’ MD 참여를 인정하지 않았다. 한국으로서는 경제적으로 크게 의존하고 있는 중국을 자극할 필요가 없고, MD를 받아들일 경우 북한의 핵, 미사일 개발이 가속화 되는 악순환을 우려했기 때문이다.
박근혜 정부 들어서도 표면적으로는 비슷한 기조가 계속됐다. 미국은 기회가 있을 때마다 MD에 참여하라고 압박했다. 대표적인 게 2014년 3월 네덜란드 헤이그에서 열린 한미일 정상회담이다. 고의였는지 부주의 때문인지 국내 언론은 초점을 맞춰 보도하지 않았지만 당시 한미일 공동 회견 영상을 보면 오바마 대통령이 가장 먼저 하는 얘기는 바로 MD 참여 논의를 하자는 것이었다.
그런데 박근혜 정부에게는 미국에게 구실을 내줄만한 결정적인 약점이 있었으니, 그것이 바로 전시 작전권 환수 연기 문제다. 전작권 환수 연기는 박근혜 대통령의 대선 공약이었으며 한국은 외교력을 총동원해 대통령의 대선 공약을 이행하고자 미국에 매달렸다. 이 때 미국이 내세운 조건이 바로 MD 참여였다. 한국의 전시 작전권 환수 연기와 MD체제 편입이 맞교환된 게 아니냐고 전문가들은 의심하고 있다