12일 오후 투표를 마치고 봉인된 투표함은 오후 9시 14분경 달산면 1투표소 투표함을 시작으로 9개 읍·면 20개 투표함이 개표장소인 영덕농협 2층 회의실에 속속 도착해 개봉 준비에 들어갔다. 하지만 최종 투표율이 나오지 않아 투표 인원을 확인한 이후인 오후 11시 40분부터 개표를 시작했다.
최종 투표 인원은 투표관리위가 집계한 투표인명부 1만8581명 중 1만1209명으로 60.3%의 투표율을 보였다. 이는 당초 선거인명부의 유권자 수 1만2008명에서 6573명이 신규 투표인명부에 등록하고 투표한 결과다.
이날 투표는 중앙선관위가 발표한 공식 유권자 수 3만4432명의 32.53%로 주민투표법에 의해 투표의 효력이 발생하는 3분의 1에 미치지는 못하지만, 투표 반대활동이 상당했던 점을 감안하면 상당히 높은 투표율이다.