그러나 이명박 대통령이 취임하면서 기류가 달라졌다. 2008년 9월 이명박 대통령은 제2롯데월드 신축을 반대하는 김은기 총장을 해임하고 이계훈 참모총장을 임명했다. 이로써 제2롯데월드 계획의 허가는 기정사실화되었다. 2008년 저층부 건축 허가를 받아낸 롯데는 민관 합동회의와 두 번의 행정협의조정위원회를 거쳐 2009년 3월 사실상 정부의 승인을 받아냈다. 이 과정에서 국방부와 공군은 '성남공항 동편 활주로 방향을 3° 변경하고 장비를 보강하면 기지의 안보상 기능이 유지되고 비행 안전에 문제점이 없다'는 취지의 의견서를 배포했다.
당시 국방부는 성남공항 동편 활주로를 3° 트는데 드는 비용은 약 3000억 원으로 추산했다. 수익자 부담의 원칙에 따라 3000억 원은 롯데 측이 담당할 몫이었다. 그러나 활주로를 7° 트는데 소요되는 비용 1조2000억 원에 비하면 무려 9000억 원이나 적은 액수였다. 이명박 대통령은 대학 동기가 사장으로 있는 롯데물산에 초고층 빌딩 계획 승인을 해주면서 9000억 원에 이르는 막대한 특혜를 베푼 셈이다.("'재앙의 탑' 세우려고 9000억 원 특혜주나", <시사인> 75호)
마침내 2010년 11월 11일 롯데는 송파구청으로부터 롯데월드타워 최종 건축허가를 받아냈다. 건축허가가 나자 국회 국방위원회 소속 여야 의원들은 짜맞추기식 비행안전검증용역에 의한 허가라며 반발했고, 군 전문가들은 유사시 성남공항의 군사 안보 기능이 유명무실해졌다고 비판했다.