협의회에 참석한 전문가들은 "구토를 유발한 원인이 특정 품종의 토마토가 수확 전 숙성 단계에서 낮은 온도에 노출돼 식물의 자기 보호 물질인 토마틴이 많이 생성됐고, 충분히 익은 후에도 이 성분이 남아 쓴맛과 구토를 유발한 것으로 추정된다"고 의견을 모았다.
다만 특정 품종(국내 품종 등록번호 HS2106) 이외의 토마토에는 문제가 없음을 확인했다.
이와 관련 충남농업기술원은 해당 품종 수확기인 1월 하순에 평균기온이 평년보다 약 3℃ 가량 낮아 토마토가 저온 생장함에 따라 토마틴이 생성된 것으로 예상했다.
현재까지 식중독 발병과 인과관계가 있는 특정 토마토 재배 농가는 3개 농가이며, 이 중 1개 농가는 이미 해당 토마토를 폐기하여 시중에 유통되지 않은 것으로 확인됐다.