당시 속기록에 따르면, 안 후보는 2001년 300억 원의 발전기금을 낸 정문술 전 미래산업 회장의 추천에 따라서 석좌교수에 임용됐다. 그러나 당시 카이스트의 석좌교수 임용조건 등에 맞지 않는 결정이었다는 지적이 나왔다. 이와 관련, 김태원 당시 새누리당 의원은 "국내외 논문 60편 이상을 발표한 교원을 대상으로 심의함을 원칙으로 한다"는 석좌교수 임용조건에 안 후보가 맞지 않았다고 지적했다. 이애리사 당시 새누리당 의원도 "(정 전 회장의 추천서를 제출한) 다음 날 카이스트는 5년이 지난 후 정교수가 될 수 있는 규정을 없애는 방향으로 석좌교수 임용지침을 개정했다"고 지적했다.
결과적으로 카이스트가 석좌교수로서 자격미달인 안 후보를 무리하게 채용했다는 주장이었다. 부인인 김 교수의 경우에도 비슷했다. 특히 전문성과 경력 의혹이 불거졌는데 이 중 김 교수가 자신의 경력을 부풀려서 카이스트에 지원했다는 의혹은 사실이 아닌 것으로 밝혀졌다. 김 교수는 1994년부터 2002년까지 전문의와 조교수, 부교수 등으로 8년 가까운 경력을 쌓아왔기 때문에 당시 카이스트의 부교수 채용 최소기준인 '박사학위 취득 후 인정 경력년수 만 4년 이상' 규정에 크게 어긋나지 않았기 때문이다.
다만 김 교수의 '전문성' 논란 대목은 깨끗하게 해소되지 않았다. 당시 카이스트는 김 교수를 '생명과학정책' 분야의 부교수로 채용했는데, 당시 이와 관련된 김 교수의 논문이 단 한 편이었다는 사실이 밝혀졌기 때문이다.
이러한 정황을 살펴보면, 카이스트가 '정책적 고려'로 안 후보와 김 교수를 채용했을 가능성이 높다. 서남표 전 카이스트 총장은 당시 국정감사에서 "안철수 교수가 카이스트에 와서 제일 큰 공헌을 하셨다는 것은 우리가 정부에서 MOT(기술경영) 프로그램에 프로포절(응모)을 해 경쟁을 해 카이스트가 그것을 받아왔다"고 답한 바 있다.
실제로 카이스트는 2008년 9월 지식경제부 기술경영(MOT) 전문대학원 지원사업에 선정됐다. 또 같은 해 12월 기술경영전문대학원 설립을 승인받은 뒤, 2009년 2월 김미경 교수 소속을 기술경영전문대학원으로 변경시키고 지식재산 부전공 프로그램 책임교수로 임명했다.